Родился в селе Лужники (Тульская губерния) в 1832 в крестьянской семье. Первоначально учился у иконописца в Могилеве, затем (1847-1858) занимался в Московском училище живописи, ваяния и зодчества (МУЖВЗ); попутно продолжая писать иконы. Преподавал в МУЖВЗ (1861-1873). Жил в Москве.
Родился в селе Лужники (Тульская губерния) в 1832 в крестьянской семье. Первоначально учился у иконописца в Могилеве, затем (1847–1858) занимался в Московском училище живописи, ваяния и зодчества (МУЖВЗ); попутно продолжая писать иконы. Жил в Москве.
Вошел в историю как художник одной картины — знаменитого Неравного брака (1862, Третьяковская галерея). Полотно необычно большого — для тогдашних жанров — формата остро воссоздает драму «бесприданницы», насильственно выдаваемой за богатого сановника. Справа изображен сам автор, которому, согласно мемуарной традиции, пришлось (в качестве реального возлюбленного, тоже малоимущего) пережить аналогичную ситуацию свадьбы-расставания. Лучшим же свидетелем этого события, возможно, является В.В. Стасов, видный деятель отечественной культуры второй половины XIX века: «Неравный брак Пукирева — одна из самых капитальных, но вместе с тем трагических картин русской школы. Что может быть проще взятого тут сюжета? Продажа и покупка невесты — это ли еще не сцена, которую всякий видит собственными глазами чуть не каждый день? И, однако, никто раньше Пукирева не запечатлел ее на веки веков на полотне: так все заняты были греческими героями и христианскими мучениками, точно будто бы и тут не герои и не мученики… Все русское общество горячо схватилось за эту картину и сразу глубоко полюбило ее. Академия принуждена была поскорее присудить Пукиреву профессорский диплом, даром что тут явилось одно из самых вопиющих дел: изображение ничтожной «домашней сцены» в размерах самой натуры, в тех размерах, в которых имеют право являться на свет одни высокие сцены, изображаемые истинным искусством. Это ли не торжество новой школы?..»
В той или иной степени автопортретны, связаны с глубоко личными переживаниями картины «В мастерской художника» (1865), «Прием приданого по росписи» (1873; все работы – в Третьяковской галерее) и Прерванное венчание (1877, Музей искусств Азербайджана, Баку). Такого рода произведения – с их резким переносом акцента с романтических идеалов на внутренний авторско-зрительский «суд» – стали своеобразным введением в эстетику «передвижников», переходную от романтизма к символизму. Обращался также к портрету, пейзажу и историческому жанру, был незаурядным рисовальщиком. Пытался вернуться к религиозной живописи, но на новой, независимо-светской основе (Дьячок объясняет крестьянам картину Страшного суда, 1868, Музей истории религии. Петербург; Христос в пустыне, 1886; не сохранился).
Преподавал в МУЖВЗ (1861–1873). В поздние годы, страдая нервным расстройством, впал в нищету и мыкался по чужим домам.
Умер Пукирев в Москве 1 (13) июня 1890.